除教堂和特定与教堂相关的组织外，大多数免税组织都需要向 IRS 申报年度稅務資訊申报單或通知。
連續三年不申报的组织將自動失去其免稅身份。自動撤銷會在第三次年度納稅申报單或通知的原始申报截止日期生效。（國內稅收法第 6033（j）节）
豁免自动撤销清单
IRS 發佈了免稅身份因連續三年未申报所需表格 990、990-EZ、990-PF 或表格 990-N（电子明信片）而被自动撤销的组织清单（英文）。
该清单列出了姓名、僱主身份识别号码（EIN）、组织类型、组织提供给 IRS 的上一个已知地址、有效撤销日期及组织被加入清单的日期。对於经申请并恢復了身份的组织，该清单列出了恢復日期。IRS 每月更新该清单。
失去免税身份的影响
如果组织的免稅身份被自動撤銷，則不能再免除聯邦所得稅。因此，可能需要申报下列其中一份聯邦所得稅表並支付適用的所得稅：
- 表格 1120——美國公司所得稅表（英文） PDF，组织税务年度（英文）結束後第 3 個月 15 日前截止
- 表格 1041——美國遺產和信託的所得稅表（英文） PDF，组织税务年度（英文）結束後第 4 個月 15 日前截止
被自動撤的銷组织沒有資格獲得可扣稅供款，並將從免稅组织累積清單，出版物 78（英文）移除。IRS 還將寄送一封信，通知组织撤銷情況。
捐助者在组织的名稱出現在自動撤銷清單上之前所供的款項可獲扣除。州和地方法律也可能影響失去其免稅身份的组织。
恢復免税身份
法律禁止 IRS 取消適當的自動撤銷，並且沒有提供上訴流程。被自動撤銷的组织必須申請恢復其身份，即使组织最初不需要申报免稅申請。
有四种方式（英文）恢復。
如果 IRS 判定组织符合免稅身份要求，其將發佈一封新的判定信。IRS 还将在下次更新的免稅组织搜寻（英文）（出版物 78 資料庫）中包括恢復的组织，並在 IRS 商业主档案（BMF）摘錄中指明，组织有資格接受可扣稅供款。捐助者和其他人可依賴新 IRS 判定信所述的生效日期以及更新的免稅组织搜寻和 BMF 摘录清单。